В Лабиринтът: Последният кандидат мотивите на ЗЛО стават все по-ясни: д-р Ава Пейдж, изпълнителният директор на ЗЛО, е близо до това да намери лек за болестта - инфекция, унищожила населението на планетата. Но лечението ще стане факт чрез пожертването на няколкото млади хора, останали живи, които очевидно са имунизирани срещу вируса. За да освободи онези, които са били използвани като опитни зайчета, включително неговия приятел Минхо, Томас трябва да се съюзи с няколкото оцелели, познати и непознати, за да се бори за може би последния останал град и крайна крепост на ЗЛО. Той трябва да проникне в здраво охранявания щаб на ЗЛО и да се опита да превзема организацията отвътре.