Цар Борис III умира неочаквано след кратко боледуване на 28 август 1943 г., скоро след като се връща от визита при Хитлер. Официалното лекарско заключение е инфаркт. Слухове за смъртта му твърдят, че е отровен по нареждане на Хитлер или от британските специални служби, но доказателства за това така и не са намерени. След петдневно поклонение в катедралата „Св. Александър Невски“, на 5 септември 1943 г. траурното шествие достига до Рилския манастир, където е погребан в манастирската църква.