Тя се свежда до дефект в биосинтезата на стероидните хормони — в яйчниците нараства образуването на андрогени, синтезата на естрогени намалява. Налице е променена дейност на ензимните системи в яйчника — на 3-бета-олдехидрогеназата или на ензимите за ароматизация на андрогени в естрогени. Това води до натрупване на андрогени — андростендион, оксипрогестерон и тестостерон, които със своите вирилизиращи свойства определят клиничните белези на заболяването. Повишеното андрогенно ниво, освен разстройство в зреенето на фоликулите, дава и промяна в обратната връзка на яйчниците с хипоталамо-хипофизарната система. В около 1/3 от болните се намира и повишено ниво на пролактина, с което повече се нарушава неврохормоналната регулация на менструалния цикъл.

 

В около 95 % от болните са налице различни нарушения в менструалната функция — олигоменорея и хипоменорея , различна по продължителност вторична аменорея (понякога до една-две менструации годишно). Има и болни обаче с редовен менструален, но винаги с разстройство на овулаторния процес като ановулация или по-рядко - като лутеинова недостатъчност. В около 1/3 от болните са налице неправилни маточни кръвотечения от ановулаторен характер. Това е т. нар. метророрагична форма на поликистозната болест на яйчниците.